Мой owncloud запущен из docker-compose, таким образом суть обновления сводится к пересозданию образа docker. Но после обновления возникла ошибка с установленными ранее приложениями, что после установки новой версии не давало загрузиться контейнеру. Контейнер постоянно перезапускался. Решение заключается в следующем:

Нерабочие приложения

Для начала надо выяснить какие приложения не дают запуститься контейнеру, для этого можно попытаться запустить контейнер в обычном режиме (без -d) docker-compose up, таким образом можно увидеть логи запуска контейнера либо командой

docker logs --tail 50 --follow --timestamps mediawiki_web_1

и увидеть, список приложений, которые не получается запустить. У меня это были drawio, files_clipboard, groupalert. Отключить их можно либо через консольную команду, но в силу того, что контейнер то и дело перезапускается, то можно так же отключить из через БД.

БД находится в отдельном контейнере, поэтому необходимо зайти в БД и изменить строчки отвечающие за приложения.
Заходим в контейнер с БД sudo docker exec -it insert_container_id bash
входим в саму БД
mysql -u owncloud -p
и редактируем соответствующие записи

update oc_appconfig set configvalue="no" WHERE appid="drawio" AND configkey="enabled";

далее после перезапуска контейнеров запустится owncloud

Maintanence mode

После обновления owncloud может появиться сообщение Maintenance mode

Чтобы отключить этот режим, заходим в контейнер owncloud (который мы уже запустили)
sudo docker exec -it insert_container_id bash
и там запускаем от имени www-data команду php occ maintenance:mode --off чтобы отключить этот режим.

su - www-data
php occ maintenance:mode --off