Часто простого

composer update

не помогает. Поэтому прежде чем запустить эту команду, необходимо сделать кое-какие настройки, чтобы проект на Yii2 начал работать так как нам нужно.

Yii2 обладает достаточно мощным описанием, поэтому в описаниях можно найти руководство к обновлению github.com

А именно в первом пункте:
необходимо установить один раз для всех

php composer.phar global require "fxp/composer-asset-plugin:~1.3.1"

а так же добавить код

"extra": {
    "asset-installer-paths": {
        "npm-asset-library": "vendor/npm",
        "bower-asset-library": "vendor/bower"
    }
}

Если уже все поломано и скрипт не запускается, можно попробовать установить глобальные настройки на те, что были

php composer.phar global require "fxp/composer-asset-plugin:~1.0.3"

А так же удалить все содержимое папки vendor , кроме файла .gitignore. Так же удалить папку с composer. Выполняя первую команду вы можете увидеть в каком месте находится эта папка. Например /Volumes/mac/Users/vasya/.composer

а уже затем можно запустить команду

composer update

А вот теперь все должно получиться.