На одном проекте после обновления возникла ошибка
Ошибка:
The file or directory to be published does not exist: /app/vendor/bower/jquery/dist

Если начать искать где именно ошибка, то можно понять, что суть в том, что jquery находится в bower-asset, а поиск ведется в bower. А значит нужно изменить пути

Для этого нужно лишь добавить новые alias для bower и npm

 $config = [
        ...
        'aliases' => [
            '@bower' => '@vendor/bower-asset',
            '@npm'   => '@vendor/npm-asset',
        ],
        ...
    ];

В моей версии это Yii2 basic, но думаю так же будет актуально и для advanced

Источники

How it works